一份三人签署的协议也合法，只要依法签订。《合同法》规定，合同份数不影响其效力。若未妥善保存，可能在纠纷时面临举证困难，影响权益维护。
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三人签署协议只留一份，处理方式有复印或电子备份。为确保各方权益，建议每方都保留一份，或选择电子方式存储，以便随时查阅和防止丢失。
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三人协议一份也有效。操作建议：1.尽快复印或拍照留存，确保各方有备份；2.若原件丢失，及时与其他两方沟通，确认合同内容并补签；3.考虑电子签名或云存储，提高安全性和便捷性。