可先联系公司财务核实扣税情况，再向税务部门咨询或申诉。分析：公司扣除的个人所得税在APP上未显示，可能是公司未正确上报或税务系统延迟更新。从法律角度讲，公司有责任确保扣缴税款信息的准确性，并按时上报税务部门。提醒：若长时间未解决或发现公司存在逃税行为，表明问题严重，应及时寻求税务律师或相关部门的帮助。
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具体操作：1.与公司财务沟通：首先，向公司财务部门了解个人所得税的扣缴情况，确认是否已正确上报税务部门。若存在误解或遗漏，可要求公司尽快更正并上报。2.向税务部门咨询或申诉：若与公司沟通无果，可拨打当地税务部门的咨询电话，了解个人所得税的申报情况，并说明自己的问题。必要时，可按照税务部门的指引，提交相关证据进行申诉。3.保留证据并寻求法律帮助：在整个过程中，务必保留好工资条、银行流水、扣税记录等证据。若发现公司存在违法行为，如逃税、漏税等，可寻求税务律师或相关部门的法律帮助。
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处理方式：从法律角度看，处理此类问题的方式主要有两种：一是与公司财务沟通核实，确保扣税信息无误并催促其上报税务部门；二是直接向当地税务部门咨询或发起申诉，请求其核实并更新税务信息。选择方式时，建议先尝试与公司沟通，若无效再向税务部门求助。同时，保留好相关证据，如工资条、扣税记录等，以备不时之需。