您提到的商家在交易完成后突然要求补100元，否则申请退款需交100元违约金的行为，可能涉及合同违约问题。但根据《中华人民共和国合同法》相关规定，合同变更需经双方协商一致。若交易时未明确此费用，商家单方面要求支付违约金可能不合法。建议保存好交易记录等证据，如协商无果，可考虑法律途径维权，如报警或咨询律师提起诉讼。
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从法律角度看，您可：1.保留所有交易记录、聊天记录等证据。2.依据《消费者权益保护法》，向拼多多平台投诉商家行为。3.若平台处理不当或商家仍不退款，可向消费者协会或市场监管部门举报。4.必要时，提起民事诉讼，要求商家退还货款及赔偿损失。
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若想申请退款避免纠纷，可尝试以下操作：1.先与商家沟通，明确表达退款意愿及原因，要求按原交易金额退款。2.若商家同意，确保退款流程在平台正规渠道进行，并截图保存沟通记录。3.若商家拒绝，可依据平台规则申请客服介入，同时准备好交易凭证等证据。4.必要时，报警或寻求法律援助。